Dawniejsza, niemiecka nazwa dzielnicy „Neufahrwasser” pochodzi od Neues Fahrwasser, czyli „nowy tor wodny” i w XVIII wieku oznaczała pierwotnie akwen pomiędzy wybrzeżem w Nowym Porcie a wyspą w miejscu dzisiejszego półwyspu Westerplatte, obecny Kanał Portowy. Nazwę tę przeniesiono następnie na powstającą od 1772, położoną nad Kanałem Portowym osadę. W języku polskim pod koniec XIX wieku zaczęto używać nazwy w brzmieniu Nowyport lub Nowy Port, co dobrze określało dzielnicę w stosunku do „starego” portu Gdańska położonego na Motławie.

Coraz większy tonaż budowanych statków oraz niski stan rzek Wisły i Motławy spowodował konieczność przebudowy portu gdańskiego (na Motławie) jednakże już w 1807 okazało się, że port w Gdańsku będzie zbyt mały. Spowodowało to wzrost znaczenia portu w Nowym Porcie, który mógł przyjmować znacznie większe jednostki. W 1812, podczas wojen napoleońskich, na teren państwa pruskiego wkroczyli Rosjanie, oblegając w styczniu 1813 Nowy Port, broniony przez wojska francuskie. Osada wyszła z oblężenia zrujnowana, po wojnie jednak nastąpił wielki rozwój osady, a w szczególności portu.

Podczas I wojny światowej produkcja przemysłowa Nowego Portu była podporządkowana celom militarnym, a dotychczasowy port handlowy został przekwalifikowany na port wojenny.